昌平区国家税务局位于昌平区鼓楼南街23号，全局共设置内设机构（正科级）13个，包括办公室、政策法规科、货物和劳务税科、征收管理科、收入核算科、纳税服务科（纳税服务中心）、人事科、教育科、所得税科、财务管理科、、进出口税收管理科、监察室，设有机关党委办公室和离退休干部科（挂靠人事科），设直属机构2个，即昌平区国家税务局稽查局和车辆购置税征收管理分局，设置三个事业单位，即信息中心、票证中心、机关服务中心。另外，全局共设置基层税务所8个。
贯彻执行国家的各项税收法律、行政法规和规章以及北京市国家税务局制定的各项具体规定和办法。根据北京市国家税务局下达的税收计划指标负责组织各项税收收入，发挥税收管理经济调控职能。负责本地区各税的征收管理工作。监督检查本地区纳税人执行国家税收法规和规章的情况。
增值税；消费税；中央企业所得税；中央与地方所属企事业单位组成的联营企业、股份制企业所得税及2002年以后开办企业所得税管理；地方银行和非银行金融企业营业税和所得税；境内外商投资企业和外国企业的增值税、消费税、企业所得税及金融、保险营业税；国务院、国家税务总局明确由国家税务局负责征收管理的其他有关税费。

1.办公室
拟订本单位年度工作计划、有关工作制度；起草和审核重要文稿；负责本单位文电、机要、会务、档案、督办、信访、保密、密码等工作；承担面向社会的税收宣传、新闻发布及本单位政务公开、政府信息公开工作；承办网站运行和维护工作；组织税收科研、学术交流工作；组织办理人大代表建议和政协委员提案的有关事项。
2.政策法规科
组织落实综合性税收政策和政策执行情况反馈、调研；承办机关税收规范性文件合法性审核工作；承办机关外综合性税收政策文件会办工作；承办重大税收案件审理等重大税收执法事项集体审理和税务行政处罚工作；承办税务行政复议、行政应讼工作；组织实施税收法律法规、部门规章及规范性文件执行情况的监督检查；组织落实税收执法责任制制度、税收执法过错责任追究制度，承担税收执法质量考核工作；配合财政、审计等部门对税务部门的监督与审计工作。
3.货物和劳务税科
组织实施增值税、消费税、营业税、车辆购置税的征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的政策效应分析、税源管理，制定有关税种的纳税评估办法等；组织实施增值税防伪税控系统的推广和应用，管理增值税专用发票；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
4.所得税科
组织实施企业所得税、储蓄存款利息所得税和法律法规规定的基金（费）等征收管理工作，拟订征收管理具体实施办法；对有关税种的具体业务问题进行解释和处理；组织实施有关税种的纳税评估、税源管理、税基管理、汇算清缴等办法；指导有关税种的日常管理、日常检查；参与有关税种的纳税辅导、咨询服务、税收法律救济工作。
5.收入核算科
牵头编制年度税收计划，分配下达年度免抵调库计划；监督检查税款缴、退库情况；开展税收收入分析预测、税收收入能力估算及重点税源监控工作；承担税收会计核算、统计核算、税收票证管理等相关工作；承担税收收入数据的综合管理应用工作。
6.纳税服务科（纳税服务中心）
贯彻落实上级部门下达的纳税服务工作要求和办税服务厅管理等属地化纳税服务工作；统筹规划、组织协调和考评监督本单位各部门、各税种、各环节的纳税服务工作；统筹调配本地纳税服务资源；组织实施纳税服务工作规范和操作流程；组织协调、实施面向纳税人的税法宣传、纳税辅导、咨询服务等工作；组织落实纳税人权益保护规章制度及规范性文件；负责受理纳税服务的投诉和举报，指导税收争议的调解等税收法律救济工作；承担12366纳税服务热线远程座席、网站纳税服务栏目、短信系统的内容维护及运行管理工作。
7.征收管理科
组织落实综合性税收征管法律法规、部门规章及规范性文件，拟订具体操作办法；研究提出专业化征收管理和税收征管规程完善的建议;组织实施税收征管数据管理和应用办法、综合性纳税评估办法，承办征管质量考核、风险管理和税收收入征管因素分析工作；承担税务登记、纳税申报、普通发票管理、税控器具推广应用等方面的相关工作；组织落实个体和集贸市场税收征管、税收管理员制度。
8.财务管理科
制定有关财务管理的具体办法；编制年度部门预算，对预算执行情况进行分析；组织实施会计核算、分析税收成本，编制年终财务决算报表；负责国库集中支付管理工作，编制用款计划，办理支付事项；承担本单位基本建设、资产管理、政府采购、服装管理工作；建立与落实内部控制制度，承担本单位财务内部审计工作。
9.人事科
组织落实干部人事管理制度；承担机构编制、干部任免、人员调配、劳动工资、人事档案、公务员管理、专业技术职务管理等人事工作；负责本单位安全保卫工作。
10.教育科
制定教育培训工作规划、学历教育工作规划、年度计划；组织实施本单位干部的全员教育培训工作,开展培训质量的考核与评估。
11.监察室
组织落实纪律检查、行政监察工作制度，拟订具体实施办法；监督检查本单位科级领导干部贯彻民主集中制、党风廉政责任制和廉政勤政的情况及选拔任用干部情况；组织协调本单位的党风廉政建设和反腐败工作；受理对本单位工作人员违法违纪行为的检举、控告及有关申诉；查处本单位工作人员违法违纪案件及其他重要案件；开展执法监察和纠风工作。
12.大企业和国际税务管理科
承担对大型企业的纳税服务工作；承担对大型企业的税源管理、纳税评估和日常检查工作；承办汇总（合并）纳税企业税收日常检查的有关工作；开展非居民税收征收和管理工作；具体实施特别纳税调整工作；承担有关税收法律法规和国家（地区）间税收协议、协定（安排）的具体执行工作；开展对境外投资企业的税收服务和管理工作；承办国际税收情报交换具体工作；负责本单位外事工作。
13.进出口税收管理科
组织实施进出口贸易税收管理工作，贯彻落实各项进出口税收政策，拟订税收管理具体实施办法；承担出口货物退（免）税的审核、审批工作；对进出口税收政策执行情况进行日常监督与检查；配合有关部门开展防范和打击骗取出口退税工作。
机关党委办公室　负责本单位的党群工作；承担本单位思想政治工作和精神文明建设；承担入党积极分子的教育培训考察工作及发展党员工作；负责本单位的工会、共青团等群众组织工作。
离退休干部科（挂靠人事科）承担本单位离退休干部的服务和管理工作。